起家为佐著作郎。累迁尚书吏部郎,掌典选,进达有方,性平和,不抑寒素。补吴兴太守,有德政。
女儿成为皇后,迁光禄大夫,领五兵尚书、本州大中正,封建昌县侯,辞让不受。改授都督京口诸军事、左将军、徐州刺史、假节,再次辞让。谢安以褚裒故事劝说他,方接受任命,镇于京口。
不久,征拜尚书左仆射,将军如故,迁丹阳尹,即本军号加散骑常侍。王蕴因为自己是外戚,不想在朝内,一再请求外任,被任命为都督浙江东五郡、镇军将军、会稽内史,常侍如故。
嗜酒,晚年尤为严重。在会稽内史任上时,常终日不醒。但为政和简,为百姓所悦。知人,有识鉴,次子王恭与王忱交好,王蕴看出他们个性不合,交情不会维持始终,后来王恭与王忱果然反目。
太元九年(384年)去世,时年五十五岁,追赠左光禄大夫、开府仪同三司。有五子:王华、王恭、王熙、王履、王爽。