1607年,廷机屡遭权奸攻击,杜门不出,旋辞官归里,身无长物。万历三十四年,李廷机受皇帝赏识,入内阁,但同时也受到朝廷内外的反对,直到万历四十年(公元1611年)不得已而致仕。 1616年卒,谥“文节”,入祀学宫。著有《四书臆说》、《春秋讲章》、《通鉴节要》、《性理删》、《燕居录》、《李文节文集》等。
李廷机贡入太学,顺天府(今北京)乡试第一。万历十一年(公元1583年),会试复第一,以进士第二授编修。累迁祭酒,历任南京吏部右侍郎、礼部右侍郎、礼部尚书、东阁大学士。万历四十年(公元1611年)九月晋太子太保致仕回籍,居四年卒,受赠少保,谥“文节”。